新西暦１７９年、「一年戦争(地球軍vsコロニー)」の最中、謎の巨大物体が突如出現した。それは地球連邦軍(地球)とジオン公国軍(コロニー)の大半を巻き込み、地球の南アタリア島に落下した。戦力的に疲弊していた両軍は 、この事件をきっかけに休戦協定を結んだのである。

　戦後、ビアン=ゾルダーク博士らは、地球圏が未曾有の宇宙戦争に巻き込まれると予測
 し「もはや人類は逃げ場を失った」と警告を発した。そして、彼は対異星人戦闘用兵器を開
 発する組織「ディバイン・クルセイダーズ(DC)」を設立。同時に対異星人軍隊「連邦特別宇
 宙軍(SDF)」も結成された。

　しかし、小惑星アクシズへ逃亡していたジオン公国軍が「ネオ・ジオン軍」として再起し、軍事活動を開始。Dr.ヘルや悪魔帝国のプリンス・シャーキンは、それぞれの軍団の増強を行っていた。新西暦１８７年、さまざまな組織の暗躍により、地球圏は再び緊迫した空気に包まれることになった。